Tovačovská štěrkovna je společně s tovačovskými rybníky vyhlášenou ornitologickou lokalitou především v období jarního a podzimního tahu. Aby celé území poskytlo i více prostoru pro hnízdění vodních a mokřadních ptáků, a potažmo pro ochranu celé biodiverzity, připravili jsme ve spolupráci firmou Českomoravský štěrk, a.s., projekt vybudování ptačího ostrova nazývaného Remízek. Území o rozloze asi 9 hektarů má být odříznuto od pevniny vytěžením 100 m širokého kanálu a následným ponecháním přirozenému vývoji. Vznikne tak sice plošně malé, ale nepřístupné klidové území lužního lesa na soutoku řek Bečvy a Moravy.
Vznik plánů na vytvoření ptačího ostrova podpořil v roce 2012 i BirdLife Europe, který s mateřskou společností HeidelbergCement dlouhodobě spolupracuje. Následovalo několik let jednání a povolování záměru. V současnosti (2018) se již vše chýlí k úspěšnému závěru a hloubení kanálu by mohlo brzy začít.
Dalším přírodovědně významným biotopem, který se na štěrkovně nachází, je velké výpěrkoviště uprostřed jezer. V průběhu těžby se zde ukládaly jemné pískové částice vypláchnuté ze štěrku během čištění. Výpěrkoviště postupně zarůstá náletem, ale nejcennější jsou jeho mladá stádia s otevřeným povrchem půdy. Právě ta poskytují prostor nejvzácnějším druhům bezobratlých a rostlin, z nichž jsme jako deštníkové druhy pro toto území vybrali majku obecnou, svižníka písčinného a přesličku různobarvou. Podaří-li se dlouhodobě udržovat prostředí v takovém stavu, aby se tyto tři druhy na výpěrkoviště vyskytovaly v hojném počtu, bude se zde dařit i nepřeberné řadě dalších organismů, včetně ptáků. Typickými obyvateli obnažených výpěrkovišť jsou například kulíci říční.
Abychom zabránili rychle postupujícímu zarůstání, organizujeme vysekávání a pálení rákosí a náletů za pomoci dobrovolníků. První taková akce se uskutečnila na podzim 2017. Na úpravu velkých ploch výpěrkovišť ovšem využíváme i těžkou techniku.