Kontrola budek v průběhu hnízdění je vždy spojena s rušením hnízdících ptáků. Pokud se pro takovou kontrolu rozhodneme, je naší povinností dbát nejvyšší opatrnosti a ptáky rušit co nejméně. Může se totiž stát, že nešetrně vyplašený pták snůšku opustí, popř. že v chladném počasí dojde k zastydnutí vajec. Čím je doba od začátku hnízdění delší, tím je pravděpodobnost opuštění hnízda menší, tj. ptáci spíše opustí snesená vejce než mláďata. Při kontrolách se pokusíme využít interval, kdy staří ptáci na hnízdech nejsou. Při kontrole hnízd chráněných druhů dbáme, abychom se rušením ptáků nedostali do rozporu se zákonem.

U běžných budek vesměs stačí, když zjistíme, který druh ptáka do budky zaletuje, maximálně 1x budku v druhé polovině hnízdění zkontrolujeme, abychom zjistili počet mláďat. Pokud po otevření budky sedí pták dále na vejcích, nikdy ho neplašíme.

Pokud chceme podrobněji sledovat hnízdní biologii ptáků, nezbývá nám než hnízdní budky kontrolovat častěji. Interval kontrol zcela závisí na zaměření výzkumu, zpravidla však plně postačuje interval 10 dnů. Při kontrolách zaznamenáváme kromě počtu vajec či mláďat i datum kontroly.