Čáp černý opětovně osídlil území České republiky od 40. let minulého století. Předtím hnízdilo několik párů pouze v lužních lesích na jižní Moravě. Znovuosídlení probíhalo ze severovýchodu, koncem 40. let 20. století byla prokázána hnízdění na severní a střední Moravě, v roce 1952 bylo nalezeno první hnízdo v Čechách v Krkonoších a přibližně o 10 let později již hnízdil v Čechách na více místech, především v pohraničních horách a v zachovalých lesních porostech chráněných území. Počet černých čápů rychle narůstal – v roce 1966 byl odhadován na 50 párů, v letech 1973-77 to bylo již 150 párů, v 80. letech 200-300 párů a v letech 2001-2003 byl počet odhadnut na 300-400 párů.

V současnosti jsou již obsazeny všechny vhodné oblasti. V posledních deseti letech se růst populace zřejmě zastavil a kapacita prostředí je naplněna. S přibývající početností čápů černých se však začínají objevovat hnízda i poměrně blízko lidských sídel, vzácně zahnízdí i ve stromořadí nebo břehovém porostu potoka. Příčinou nové situace může být i postupné přizpůsobování čápů černých životu blíže lidem. V roce 2013 bylo zaznamenáno extrémní hnízdění na střeše domu uprostřed obce v Bavorsku u komína s hnízdem čápa bílého.